护栏防护工程存在问题的原因可以归结为多个方面：

首先，护栏设计方面可能存在问题。例如，桥墩前护栏过短，没有相应的过渡段，使得车辆容易发生撞击桥墩的事故。护栏的线形设计也可能存在不顺直，曲线段弧形不圆顺，存在折线与死弯等问题，这可能是由于模板加工制作精度差、现场安装线形控制不到位以及测量放样精度控制不准等原因造成的。

其次，护栏的材料选择和制造质量也可能影响其防护效果。一些护栏的防护能力不足，如波形梁护栏，在受到大型车辆的高速碰撞时，可能无法承受巨大的能量释放，导致车辆穿越护栏的事故频繁发生。此外，护栏的混凝土部分可能存在质量问题，如漏浆、蜂窝麻面、砂柳、气泡、脱皮及不密实等，这些都可能影响到护栏的整体强度和稳定性。

再者，护栏的安装施工也是影响其防护效果的关键因素。一些地区的护栏安装可能存在间断、不连续的情况，特别是在边坡高度变化大、小型结构物设置间距短的地方，这导致护栏起不到应有的安全防护作用。此外，护栏端头处理不合理、立柱基础的稳定性不够等问题也可能在车辆碰撞时导致护栏损坏，甚至增加事故伤害程度。

护栏的维护和保养也是确保其长期有效防护的重要环节。如果护栏损坏后不及时修复或更换，或者长时间不进行必要的保养，那么其防护效果会大打折扣。

综上所述，护栏防护工程差的原因可能涉及设计、材料、制造、安装、维护等多个方面，需要针对这些方面进行周全的分析和改进，以提升护栏的防护效果。